本校董事會，於民國五十二年九月奉教育部52.9.11(52)台高字第844號令，設五年制商業專科學校，校名為「吳鳳商業專科學校」。各董事推選鄧翠英先生為首任董事長；民國六十三年創辦人彭文鴻女士繼任董事長，奠定吳鳳發展的堅實基礎；民國七十年改由李旭光先生接任，在他的精心擘劃建設下，吳鳳已蛻變為雲嘉地區知名的科技大學。目前董事會已運作至第十四屆，現任董事長為胡宗鑫女士，相信在胡董事長的領導之下，吳鳳能再創校史的發展高峰。

本會依循「吳鳳學校財團法人董事會捐助章程」，並恪遵「大學法」、「私立學校法」組織運作。董事九位、監察人一位，大多為教育界先進，為本校發展奠定最堅實的基礎。建校以來，在董事會之指導和監督下，校務運作已全面制度化，舉凡一切招生、學籍、課程、財務、人事、會計、財團法人等校務行政事項，均一一制定規章，提經校務會議、行政會議或相關會議通過施行，俾全體師生有所遵循。